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En su disposición actual, el Archivo Histórico de la Ciudad de Antequera tiene su origen en una orden de 4 de febrero de 1970, del Ministerio de Educación y Ciencia.
Fue la manera de resolver el conflicto planteado desde 1963 entre el Ayuntamiento y la Dirección General de Archivos y Bibliotecas, cuando ésta había solicitado a la Corporación Municipal el traslado de los protocolos notariales de la ciudad de más de cien años de antigüedad al Archivo Histórico Provincial de Málaga.
Los Fondos del Archivo Histórico Municipal de Antequera se encuentran instalados en lo que fue el edificio del antiguo Pósito de la Ciudad de Antequera.
Comenzado a construir en 1733 por Tomás de Melgarejo, según traza de Andrés Burgueño, se desploma en 1765, y se reedifica de nueva planta. En 1773 el alarife Martín de Bogas realiza una ampliación, levantando la nave conocida como la Panera. Independientemente de su función como granero en nuestro siglo fue usado como cárcel durante la Guerra Civil.